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Title: Étude in silico des interactions de nouveaux inhibiteurs sur la Cyclooxygénase, cible enzymatique impliquée dans les phénomènes d’inflammation
Authors: Aya , KHENIOUI , BENDALI HOUSSINE , CHEKROUD Zeyneb, Chaima
Keywords: cyclooxygenase-2, inflammation, molecular docking, Surflex-dock, filtering ADME-Tox.
cyclooxygenase-2, l’inflammation, docking moléculaire, Surflex-dock, filtrage ADME-Tox
Issue Date: Jun-2023
Publisher: University center of Abdalhafid Boussouf - MILA
Citation: Biochimie Appliquée
Abstract: Currently, in silico methods are increasingly use in the strategies of discovery of new molecules for therapeutic purposes. During this research, we have relied on the treatment of inflammatory diseases based on the inhibition of cyclooxygenase-2, an important enzyme involved in the production of prostaglandins, substances that play a key role in inflammation.The main objective of our work is to study by means of molecular docking with Surflex-dock program, the binding modes of a series of small chemicals molecules on the COX-2 target and, then to propose new potential inhibitors for this target.The Surflex-dock software is highly efficient, with a good coefficient of linear correlation (r = -0.63) between affinity and biological activity IC50. So we can, use this program without too much risk of errors to generate by computer simulation novel COX-2 inhibitors. Assessing the affinity of inhibitors derived of PDB made it possible to identify those presenting the best inhibitory effect. Its FLP compound who is the docking score is equal to 5.96 M-1. Molecular docking by Surflex-dock of a collection of 297 similar of inhibitor FLP from the chemical library PubChem with 95% similarity, highlights compounds CID72099 and CID448006 as the best COX-2 inhibitors which have affinities equal to 7.59 M-1 for the first and 7.54 M-1 for the second.In order to validate these results, the in silico prediction of drug similarity positively informs about the ADME-Tox properties of the proposed inhibitors.
Description: De nos jours, les méthodes in silico sont de plus en plus employées dans les stratégies de découverte de nouvelles molécules à visée thérapeutique. Au cours de cette recherche, nous nous sommes appuyés sur le traitement de maladies inflammatoires basé sur l’inhibition de la cyclooxygenase-2, une enzyme importante impliquée dans la production de prostaglandines, des substances qui jouent un rôle clé dans l’inflammation. L’objectif principal de notre travail, consiste à étudier au moyen du docking moléculaire par le programme Surflex-dock, les modes de liaison d’une série de petites molécules chimiques sur la cible COX-2 et, ensuite à proposer des nouveaux inhibiteurs potentiels pour cette cible.Le logiciel Surflex-dock est hautement performant, avec un bon coefficient de corrélation linéaire (r = -0,63) entre l’affinité et l’activité biologique IC50. On peut donc, utiliser ce programme sans trop de risque d’erreurs pour générer par simulation informatique de nouveaux inhibiteurs de l’enzyme COX-2. L’évaluation de l’affinité des inhibiteurs issus de la PDB a permis de dégager celles présentant le meilleur effet inhibiteur. Il s’agit de composé FLP dont le score de docking est égale à 5.96 M-1. Le docking moléculaire par Surflex-dock d’une collection de 297 similaires de l’inhibiteur FLP issus de la chimiothèque PubChem avec 95% de similarité, fait ressortir les composés CID72099 et CID448006 comme meilleurs inhibiteurs de la COX-2 qui ont des affinités égale à 7.59 M-1 pour le premier et 7.54 M-1 pour le second.Afin de valider ces résultats, la prédiction in silico de la similarité médicamenteuse nous informe de manière positive sur les propriétés ADME-Tox des inhibiteurs proposés.
URI: http://dspace.centre-univ-mila.dz/jspui/handle/123456789/2638
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