Détermination de mode de liaison de la thymoquinone et ses dérivées contre la xanthine oxydoréductase avec la simulation informatique

Abstract

Notre travail, entre dans le cadre de la réalisation du mémoire de master, s’inscrit dans le courant de la recherche in silico des nouveaux inhibiteurs potentiels de la xanthine oxydoréductase (XOR) ; cible thérapeutique validée pour le traitement de la maladie de la goutte. Le logiciel de docking moléculaire Surflex-dock permet de simuler les interactions entre une cible enzymatique et différents ligands. Avec un pourcentage de 85% des valeurs de RMSD inférieures ou égales à 2 Å, on peut dire que Surflex-dock est assez performant et on peut l’utiliser en toute confiance pour étudier profondément le mécanisme d’inhibition de la XOR. Dans cette étude, nous avons réalisé un docking basé sur la structure de la cible enzymatique avec le programme Surflex-dock d’une collection de 193 similaires de la thymoquinone issus de la PubChem ; afin de découvrir de nouveaux inhibiteurs potentiels de l’enzyme XOR plus affins et plus sélectifs que la TEI et la thymoquinone, inhibiteurs précédemment connu. Deux similaires : CID_129829816 et CID_132131050 avec des affinités égales à 6.96 et 6.82 M-1 respectivement, sont considérés comme les meilleurs inhibiteurs potentiels de la XOR. Enfin, l’application de la règle de Lipinski nous informe de manière positive sur les propriétés physicochimiques de ces deux inhibiteurs.