Etude de la dynamique et phylogénétique des populations bactériennes psychrotrophes du lait cru récolté dans la région de Mila

Abstract

Afin d'évaluer les changements dynamiques du consortium microbien du lait cru de vache pendant la éfrigération, explorer la diversité des bactéries psychrotrophes et déterminer les relations évolutives entre les taxons sur la base du gène ARNr16S, des échantillons de lait cru ont été collectés dans deux fermes laitières situées dans le bassin et une montagne de la région de Mila en Algérie. Le stockage à froid des échantillons de lait à 4 °C a été utilisé pour promouvoir la croissance microbienne des psychrotrophes pendant 10 jours. La flore microbienne du lait a été cultivée par les méthodes de culture dépendante et l'identification des isolats bactériens a été conduite par les méthodes phénotypiques à la base des critères culturaux, morphologiques et biochimiques ; de plus quelques isolats bactériens ont fait l’objet d’une identification moléculaire par séquençage partiel du gène ARNr16S. Les variations du nombre total viable et les paramètres cinétiques de la croissance microbienne ont été analysées durant la réfrigération à l'aide du modèle Baranyi et Roberts. Les comptes microbiens initiaux dans les échantillons de lait cru prélevés dans les deux fermes (bassin et montagne) était de 3,87 ± 0,11 à 2,94 ± 0,04 log UFC. mL-1 respectivement, et la croissance maximale ne dépassait pas 7,00 ± 0,12 log UCF. mL-1. La limite d'hygiène a été dépassée après 2 jours dans la ferme du bassin et plus tard après 6 jours dans la ferme de montagne. Le temps de génération variait de 1,20 ± 0,55 à 4,18 ± 0,22 jours dans la ferme du bassin et la ferme de montagne respectivement. Le retard notable en croissance microbienne dans le lait de la ferme de montagne par rapport à celui du bassin pourrait être lié au mode d'alimentation intérieur / extérieur adopté en montagne opposé à l'alimentation à l’intérieur seule dans la ferme du bassin. Cette durée de conservation prolongée suggère à la fois la présence de molécules bioactives antimicrobiennes issues des plantes pâturées par les vaches à l'extérieur de la ferme de montagne et à la sélection géographique de microorganismes à potentiel antagoniste évoluant dans la microflore du lait. Les populations bactériennes psychrotrophiques ont été identifiées comme Acinetobacter, Pseudomonas, Aeromonas, Chryseobacterium, Enterococcus et Lactobacillus. Enterococcus constitue le plus grand groupe composé de 9 taxons, avec E. faecalis étant l’espèce prédominante. L'analyse de la génomique comparative sur la base des séquences du gène ARNr16S des souches E. faecalis isolées avec ceux de différentes géographies et climats dans le monde a été menée. Les observations des variations génétiques ont montré que sept souches E. faecalis (MH569850, MH569851, MH569856, MH569856, MH569857, MH569859 et MH569860) ont enregistré des similitudes de séquences inférieures à 97%, ce qui conduit à l'hypothèse que les isolats pourraient représenter une nouvelle espèce du genre Enterococcus