Prédiction de nouveaux agents Antiangiogéniques à l’aide d’un criblage virtuel basé sur la structure de la cible

Abstract

La découverte de l’importance de l’angiogenèse dans les mécanismes de croissance tumorale et notamment du facteur de croissance endothélial vasculaire, a permis le développement de nouvelles molécules qui sont utilisées dans la prise en charge de différents cancers. Parmi celles-ci, le but est toujours le même : bloquer la synthèse et la croissance de nouveaux vaisseaux sanguins via une action anti-VEGF, ce qui entraine l’arrêt du développement de la tumeur cancéreuse. De nos jours, les méthodes in silico sont de plus en plus employées dans les stratégies de découverte de nouvelles molécules à visée thérapeutique. Au cours de cette recherche, nous nous sommes appuyés sur le traitement de l’angiogenèse basé sur l’inhibition de la VEGFR-2 (récepteur 2 du facteur de croissance endothélial vasculaire). Une enzyme sert à l’inhibition d’angiogenèse et les roblèmes de santé qui en découlent. Le programme de docking moléculaire Surflex-dock a été développé pour aider à la mise au point des molécules à activité thérapeutique. Avec un pourcentage de 85% des valeurs de RMSD inférieures ou égales à 2 Å, on peut dire que Surflex-dock est un logiciel fiable et qu'on peut l’utiliser en toute confiance pour prédire les interactions des inhibiteurs testés avec le site actif de la VEGFR-2. Dans notre travail on s’intéressé à l’étude in silico de l’inhibition enzymatique par criblage virtuel avec Surflex-dock de la VEGFR-2. Cette approche permet de modéliser les interactions entre une protéine et des milliers de petits composés chimiques.En effet, une collection de 800 composés provenant à partir de la chimiothéque ZINC et une collection de 440 composés issus de la base de composés chimiques PubChem, ont été testées envers le site actif de la VEGFR-2. A l’issu de ce criblage, les composésZINC000000001962 et CID123689476 avec des valeurs d’affinité égale à 6.91M-1et 10.24M-1respectivement, se présentent comme nouveaux inhibiteurs théoriquement plus actifs envers la VEGFR-2. Enfin, la prédiction in silico de la similaire édicamenteuse nous informe de manière positive sur les propriétés ADME-Tox de ces nouveaux composés proposés.