Prédiction in silico de la structure 3D et étude d’amarrage moléculaire de la xanthine oxydoréductase

Abstract

La xanthine oxydoréductase représente une cible thérapeutique très importante, en tant qu’implique dans l’inhibition du stress oxydatif et les problèmes de santé qui en découlent. Pour contourner les limites du criblage expérimental, une nouvelle approche alternative basée principalement sur des techniques nformatiques a été envisagée ; c’est docking moléculaire. L’objectif principal de notre étude était de tester la performance du programme de docking Surflex-dock par trois critères. Dans un premier temps, le test de RMSD, ou critère de déviation de la structure obtenue par docking par rapport à la structure donnée par diffraction aux rayons X. Les résultats du RMSD obtenue montrent que 84% des valeurs sont inférieures ou égales à 2 Å. Dans un deuxième temps, l’analyse par régression linéaire nous a permis de rechercher la corrélation entre l’énergie d’interaction obtenue par Surflex-dock et l’activité biologique (IC50), cette analyse donne un coefficient de corrélation " r = 0 .65 ". Enfin, ces tests ont été suivi par une analyse visuelle de la superposition des ligands de référence et ceux obtenus par docking moléculaire. Nos résultats montrent que le logiciel Surflex-dock fonctionne correctement. Il peut donc être utilisé pour découvrir de nouveaux inhibiteurs de la XOR. Dans le but de découvrir de nouveaux inhibiteurs plus puissants de la XOR, nous avons réalisés un docking moléculaire par le logiciel Surflex-dock d’une collection de 482 similaires du composé TEI avec 90% de similarité. Deux similaires: CID_144411068 et CID_123307845 avec des affinités égales à 9.89 et 9.28 M-1 respectivement, sont considérer comme les meilleurs inhibiteurs théoriquement potentiels de la XOR plus affins et plus sélectifs que la TEI. Enfin, la prédiction de la similaire médicamenteuse nous renseigne de manière positive sur les propriétés physicochimiques, pharmacocinétiques et de toxicité de ces nouvelles molécules proposées